办公室（保密办公室）负责行政工作的管理、检查、督办，协调日常运转；承担公文流转、安全保密、密码管理、新闻宣传、办公信息化、信访、保卫、机要、档案管理和综合统计等工作，承担内部审计工作。

 

党委办公室（简称“党办”）负责党委的日常运转工作，负责思想政治建设、基层党组织建设、精神文明建设等工作，协助党委领导工青妇等群众工作和统战工作。

 

纪委办公室（简称“纪办”）负责纪委的日常运转工作，承担监督执纪问责等相关工作。

 

人事处（离退休干部处）负责干部选拔、干部监督、人才队伍建设、教育培训、劳动工资、研究生培养、博士后工作站、干部人事档案管理、离退休人员管理等工作。

 

财务资产处（简称“财务处”）是中心财务、国有资产和政府采购的归口管理部门。主要职能是，负责建立健全中心内部的财务管理制度、编制中心的部门预算和财务决算；负责各类资金的统一集中管理；指导和监督中心资产和政府采购管理的执行情况。

 

业务发展与国际合作处（简称“业务处”）负责业务和科技发展规划，管理业务科研项目、科技创新平台和重大专项，管理成果转化项目，组织成果转化推广，组织国际合作、学术交流及学会协会等工作。

 

项目管理处（简称“项目处”）负责海洋环境保障工作的归口管理。

 

质量管理处（总工程师办公室）（简称“质管处”）负责质量管理体系有效运行管理、标准化管理、业务科研项目技术管理、认证认可管理等工作。